でも報告した通り、R と Stan で、収穫量の統計解析に挑戦しています。教科書は馬場真哉『RとStanではじめる ベイズ統計モデリングによるデータ分析入門』。
RとStanではじめる ベイズ統計モデリングによるデータ分析入門：サポートページ | Logics of Blue
しかし、この本を参考にしながらコードを実装しても、エラーが出てしまいました。
ちなみに、本書の実行環境の、OS は Window 10。わたしは macOS Catalina です。
また、その他、バージョンは次の通り。
R: version 3.6.2
RStudio: version 1.2.5033
> packageVersion("rstan")
[1] ‘2.21.2’
> packageVersion("brms")
[1] ‘2.14.4’
> packageVersion("bayesplot")
[1] ‘1.7.2’
> packageVersion("ggfortify")
[1] ‘0.4.11’
> packageVersion("gridExtra")
[1] ‘2.3’
macOS の時点で、本書のサポートの対象外な気がしないでもないのですが、なんとか頑張って、ローカル・レベル・モデルの実装まではできました。
エラーが出るのが時変係数モデルの実装の前段階で、brms を使用したとき。
本書との通りに実行しようとするとなると、パッケージのバージョンも完璧に揃えた方がいいっぽいけど、R はそれがけっこうめんどくさいし、パッケージのバージョンを揃えるとなると、仮想環境の構築とかもした方が良いかもしれない。
ちなみにエラーメッセージは、
警告メッセージ: .local(object, ...) で: some chains had errors; consider specifying chains = 1 to debug
本書の著者様の馬場真哉様に直接メールして尋ねたんですが、
「何らかの問題が発生した場合に、頻繁に出ます」
とのことで、ということが知れただけでも自分にとっては進歩だったのですが、解決には至らず。
そこで、エラーをよく読むと、
[1] "Error in sampler$call_sampler(args_listi) : "
[2] " c++ exception (unknown reason)”
とあったので、ググってみることに。
似たようなエラーの解決策を紹介しているブログで、
があったのですが、参考にしてもうまくいかず。
ちなみに、そもそも Stan は、コチラ
のサイトを参考にしてインストール。
それで、
でもっとバッチリな解決策があったので、
と、
を参考にして、
をインストールしようとしたのですが、Mac のインストーラが動かなくなっちゃいました。
うーん、と思って、「macos-rtools-3.1.0.pkg インストールできない」で検索したら、
や、
がヒット。
も参考にしたいですね。
なるほど、macOS Catalina で Stan のエラーが出てるということか。
あたりを参考にすると、Catalina での Stan の動作は相当怪しいようです。うーん....
まだ試してないけど、「macOS(Catalina)にRstanをインストールする - Qiita」あたりを試してみて、ダメそうなら、また別の方法を考えたいですね。
目的は多変量の時系列解析で、その目標として状態空間モデルを使う、状態空間モデルを使うという目標のために Stan を使う、Stan を使うという目標のためにエラーを解決する、という感じなので、例えば Python で状態空間モデルで多変量時系列解析できればそれはそれでオーケーなわけで。
まだまだおべんきょうはつづきます！
