高知の田舎で耕すデータサイエンス農家のブログ

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macOS Catalina で Stan がエラー! なので対応に追われる

でも報告した通り、R と Stan で、収穫量の統計解析に挑戦しています。教科書は馬場真哉『RとStanではじめる ベイズ統計モデリングによるデータ分析入門』。

RとStanではじめる ベイズ統計モデリングによるデータ分析入門:サポートページ | Logics of Blue

しかし、この本を参考にしながらコードを実装しても、エラーが出てしまいました。

ちなみに、本書の実行環境の、OS は Window 10。わたしは macOS Catalina です。

また、その他、バージョンは次の通り。

R: version 3.6.2
RStudio: version 1.2.5033

> packageVersion("rstan")
[1] ‘2.21.2’
> packageVersion("brms")
[1] ‘2.14.4’
> packageVersion("bayesplot")
[1] ‘1.7.2’
> packageVersion("ggfortify")
[1] ‘0.4.11’
> packageVersion("gridExtra")
[1] ‘2.3’

macOS の時点で、本書のサポートの対象外な気がしないでもないのですが、なんとか頑張って、ローカル・レベル・モデルの実装まではできました

エラーが出るのが時変係数モデルの実装の前段階で、brms を使用したとき。

本書との通りに実行しようとするとなると、パッケージのバージョンも完璧に揃えた方がいいっぽいけど、R はそれがけっこうめんどくさいし、パッケージのバージョンを揃えるとなると、仮想環境の構築とかもした方が良いかもしれない。

ちなみにエラーメッセージは、

警告メッセージ: .local(object, ...) で: some chains had errors; consider specifying chains = 1 to debug

本書の著者様の馬場真哉様に直接メールして尋ねたんですが、

「何らかの問題が発生した場合に、頻繁に出ます」

とのことで、ということが知れただけでも自分にとっては進歩だったのですが、解決には至らず。

そこで、エラーをよく読むと、

[1] "Error in sampler$call_sampler(args_listi) : "
[2] " c++ exception (unknown reason)”

とあったので、ググってみることに。

似たようなエラーの解決策を紹介しているブログで、

があったのですが、参考にしてもうまくいかず。

ちなみに、そもそも Stan は、コチラ

のサイトを参考にしてインストール。

それで、

でもっとバッチリな解決策があったので、

と、

を参考にして、

をインストールしようとしたのですが、Macインストーラが動かなくなっちゃいました。

うーん、と思って、「macos-rtools-3.1.0.pkg インストールできない」で検索したら、

や、

がヒット。

も参考にしたいですね。

なるほど、macOS Catalina で Stan のエラーが出てるということか。

あたりを参考にすると、Catalina での Stan の動作は相当怪しいようです。うーん....

まだ試してないけど、「macOS(Catalina)にRstanをインストールする - Qiita」あたりを試してみて、ダメそうなら、また別の方法を考えたいですね。

目的は多変量の時系列解析で、その目標として状態空間モデルを使う、状態空間モデルを使うという目標のために Stan を使う、Stan を使うという目標のためにエラーを解決する、という感じなので、例えば Python で状態空間モデルで多変量時系列解析できればそれはそれでオーケーなわけで。

まだまだおべんきょうはつづきます!

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