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日記系雑記ブログ: 農業、データサイエンス、自然

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2020-01-01から1年間の記事一覧

唐人駄馬から見えた、2020年最後のだるま夕日

2020年から2021年にかけての年末年始シーズンはどこで・何して過ごそうかと考えていたんですが、というのも新型コロナウィルス感染症拡大が続いているからですね。 昨年は鹿児島県へ、つまり県外へ旅行へ行きました。 高千穂峰からの山頂初日の出: 霧島連峰 …

歳取るとクリスマスがどんどんどうでもよくなっていく。よくないゾ

なんか、年々クリスマスがどうでもよくなっていく感じがしますね。 おかげさまで、今年も無事、独身のまま年を越せそうなのですが、この年齢で、独身のままだと、しかも彼女なしだと、クリスマスというのが、ほんとにどうでもいいというか。さんじゅう云回目…

Evernote の不具合(?) がヒドい。ぴえん

前回はいつだったか、でも記憶があるから何ヶ月も前の話ではなく、割と短期間で不具合が起きていることになります。主に同期ですね。しかも。いちばんん大切じゃないですか。こういう系のアプリで同期って。だって、iPhone で書いた文章がすぐ Mac でも見ら…

macOS Catalina で Stan がエラー! なので対応に追われる

農家だってベイズ統計したい! 採花量の時系列予測を Python と R で実装してみた でも報告した通り、R と Stan で、収穫量の統計解析に挑戦しています。教科書は馬場真哉『RとStanではじめる ベイズ統計モデリングによるデータ分析入門』。 RとStanではじめ…

農家だってベイズ統計したい! 採花量の時系列予測を Python と R で実装してみた

昨年から時系列予測というキーワードが気になっていて、これならデータさえしっかり集めれば、もしかして何かしらの結果を得られるのでは? と思い、データをとってきました。 農業という職業にはさまざまな課題がありますが、特に小規模農家の場合、経営安…

育種素材の収集と保存: ジーンバンクとは?

新たな特性を持つ種苗を育成するためには、その特性について世代を経ても確実に伝わる差異 (遺伝変異) が必要です。このような遺伝子によって影響するのが育種素材です。 [目次] 種子の保存 ex situ conservation と in situ conservation コアコレクション …

白髪山から三嶺へ縦走: アップダウンの続くハードなコースを写真で詳しく

三嶺は高知県内で最も標高が高く、また、四国内でも、石鎚山、剣山に劣らないほどの人気の山です。 ずっと登りたかった山だったんですが、登山を初めて 4 年目にしてようやく、挑戦することができました。 「挑戦する」というのはどういうことかというと、三…

高知で勉強できるカフェを探す

高知で勉強できるカフェを探しています。 けっこう率直な意見も書いているので、店名を伏せています。が、だいたい同定はできます。 大手全国チェーンの土佐道路店 1店目と同じチェーンの高知インター店 1, 2店目と同じチェーンの南国店 マクドナルドはどう…

植物細胞の構造と機能: 小胞体・ゴルジ体

植物は、ヒトや酵母などと一緒で、真核生物の一員です。核、小胞体、ゴルジ体、ミトコンドリアなどは真核生物共通の細胞小器官 (オルガネラ、細胞器官) で、植物細胞内でも生命維持に必須の機能を担っています。植物に特徴的なオルガネラとしては、葉緑体、…

コムギの起源

コムギの起源については、19世紀末から研究が始まりました。1944年には、木原均らがパンコムギの祖先を発見しました。 ここでは、小麦の起源について説明します。 [目次] トリティクム属とエギプロス属 コムギの倍数体 コムギの進化 野生種と栽培種 野生種 …

植物細胞の構造と機能: ミトコンドリア

ミトコンドリアは、ほとんどすべての真核生物に存在する細胞小器官で、ATP 生産が主要な役割です。 ミトコンドリアの構造 色素体と同様に二重の膜に包まれていて、独自のゲノムを持ち、半自立的に増殖します。 www.xtraetc.xyz 内膜は内部に向かって突出し、…

イネの起源

イネ、コムギ、トウモロコシ、オオムギなどの主要な食料は、私たちにエネルギー源として炭水化物を供給してくれますね。これらの植物はいずれもイネ科穀類です。長い年月をかけて、人類は、野生の動植物の狩猟採集という方法で食料獲得してきましたが、今か…

フェミニズムを勉強しようと思う

いちおう、哲学の修士号は持っているので、フェミニズムというものがどういうものなのか、ぼんやりは理解していたつもりでした。ただ、ちょっと、いま、ここ 2 〜 3 日勉強したなかで気づいたのが、つい数年前まで私のとっていた態度が、ポストフェミニズム…

植物細胞の構造と機能: 色素体 (2)

色素体ゲノムにコードされる遺伝子は色素体における転写・翻訳に関するものと、光合成に関するものとに大別されます。 www.xtraetc.xyz www.xtraetc.xyz 色素体と転写 核から葉緑体への影響 色素体での転写には、核の転写とは異なる複数の RNA ポリメラーゼ…

四万十町・志和から小鶴津への海岸沿いの道は現在、土砂崩れで歩行者も通行困難です

2020 年 9 月 20 日現在の情報です。 約 1 年前に、小鶴津まで歩いて、ブログ記事にもしたんですが、 www.xtraetc.xyz 1 年ぶりくらいに行きたくなって。あの断崖絶壁の道を。 ネットで調べたら、ツイッターでも小鶴津・大鶴津へのレポートをしている人がい…

栽培植物の起源

栽培植物は、野生植物のように自然環境のもとで進化してきたのではなく、人類との関わり合いのもとで野生生物から進化した、と考えられています。 [目次] 栽培種の成立と特徴 ヒトと栽培植物の共生関係 一次作物、二次作物 栽培種の成立 栽培植物の起源中心 …

植物細胞の構造と機能: 色素体 (1)

葉緑体に代表される色素体(プラスチド)。色素体は、二重の膜に包まれていて、独自のゲノムを持っています。 [目次] 色素体のさまざまな形態 プロプラスチド ロイコプラストとアミロプラスト クロモプラスト 葉緑体 = クロロプラスト 色素体のゲノム 色素体の…

植物における、倍数化による進化

生物はふつう同じゲノムを2つ持っています。ただ、それより多くのゲノムを持つ生物も存在し、そのような生物個体を倍数体といいます。 倍数体は動物では稀です。しかし植物では非常に多く、被子植物のほぼ半数が倍数体とも言われています。 倍数性は植物の種…

植物の形質転換

遺伝子の機能を解析したり、有用な遺伝子組み換え植物を製作するためには、効率のよい形質転換法が必要になります。形質転換の研究が始まった当初は、細胞壁の存在が妨げになっていました。 www.xtraetc.xyz 現在では、酵素によって細胞壁を除去できるように…

植物における進化と種分化

新しい種はどのように生まれるのでしょうか。進化の要因とは。植物における種分化と進化について、簡単に解説します。 [目次] 新しい種の形成 系統進化 1 つの種から 2 つ以上の種 二次種分化 地理的な隔離と進化 植物と雑種 浸透交雑 進化の要因 突然変異 …

植物における細胞内情報伝達機構

多細胞生物は、細胞分化、生長や細胞分裂を個体レベルで統合して制御しなくてはいけません。そのために複雑な情報伝達機構を発達させてきました。まず、哺乳類を中心として明らかにされた真核生物の情報伝達を見てみましょう。 [目次] 動物・酵母の信号伝達…

エピジェネティックな発現制御

街のお花屋さんでは、メリクロン培養した園芸植物、いわゆるクローン花が出回っています。ランなどの高級花もこのメリクロン培養で大量生産できるようになって、以前に比べれば購入しやすい価格になりました。店先に並べられた植物をよく見るとクローンにも…

夏の終わりに宿毛市・沖の島で最高のキャンプ

行ってきましたよ、沖の島に。キャンプに。高知県は宿毛市にある離島、沖の島にある白岩岬キャンプ場でのキャンプです。 8 月 29 日、8 月 30 日の日程ということで、ちょっと真夏というか、夏の終わりかな、という感じのシーズンだったんですが、やっぱり昨…

遺伝子発現制御における翻訳後修飾

翻訳されたタンパク質の機能が共有結合性の修飾により制御されることがあります。 [目次] タンパク質分解による制御 タンパク質の品質管理 リン酸化が最も広く見られる制御ですが、糖付加や脂質 (ファルネシル基やミリストイル基) 付加も重要な役割を果たし…

遺伝子発現産物の解析

ここでは、遺伝子発現産物の解析について解説します。 [目次] 1. トランスクリプトーム解析 2. プロテオーム解析 3. 形を作る遺伝子: ABC モデル 1. トランスクリプトーム解析 トランスクリプトームとは、特定の条件のもとで組織や細胞における一次転写物で…

siRNA と miRNA

植物を形質転換し、外来の遺伝子を発現させる技術を、遺伝子組み換え植物と言います。遺伝子組み換えの際、既に植物が持っている遺伝子を導入した場合、導入した遺伝子と内在性遺伝子の両方の発現が抑制する場合があります。 [目次] siRNA miRNA siRNA 導入…

農業簿記における取引

簿記でいう取引とは、経営の資産、負債、資本、収益、費用のいずれかに変動を起こすことがらをいいます。取引が発生すると、帳簿に記録しなければなりません。 取引の意味 取引の二重性と貸借平均の原理 取引要素の結合関係の例 取引の意味 簿記の取引は、日…

ゲノムプロジェクト

この記事では、イロイヌナズナ、イネ、マメ科植物における、そのゲノム解読の成果について紹介します。 [目次] シロイヌナズナゲノム解析 イネゲノム解析 マメ科ゲノム解析 シロイヌナズナゲノム解析 シロイヌナズナ(アラビドプシス) は、アブラナ科の一年草…

農業簿記における勘定科目と元帳

農業簿記における勘定科目と元帳についてみていきましょう。 [目次] 勘定と勘定科目 勘定口座と元帳 勘定口座の記入方法 勘定と勘定科目 複式簿記では、資産・負債・資本・収益・費用の変動を記帳して経営成績及び財政状態を明らかにします。その場合、資産…

ゲノム分析の方法

ゲノム分析は、各植物間の類宴会芸や倍数性植物の由来を調べる手段です。主なものとしては、種間雑種の染色体対合に基づく細胞遺伝学的分析方法や、DNA レベルでの分子生物学的方法があります。 [目次] ゲノム分析の方法 DNAによるゲノム分析 ゲノム分析の方…

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